Роль Земского собора в укреплении российской государственности весьма высока. Однако несмотря на всенародный характер избрания нового царя, вплоть до 1618 года длилась борьба с отдельными казачьими отрядами, которые не были согласны с избранием Михаила Романова новым царем.

Борьба с казачьими выступлениями против центральной власти.

Опасность исходила от атамана Ивана Заруцкого. Заруцкий сбежал вместе с Мариной Мнишек из Москвы и захватил Астрахань. Астраханцы изгнали Заруцкого еще до прихода московских войск. Московские воеводы пленили Заруцкого, Марину Мнишек и ее сына Ивана. Заруцкий и «царевич» были казнены в Москве, а Марина умерла в тюрьме.

В 1614-1615 гг. произошло восстание атамана Баловня. Толпы казаков под его командованием подошли к Москве. Царь отправил на них войско под командованием воеводы Бориса Лыкова-Оболенского. Лыков разбил казаков, поймал Баловня и привел в Москву тысячи сдавшихся ему казаков.